Los algoritmos de sustitución se dividen de la siguiente manera:
SUSTITUCIÓN MONOALFABÉTICA
En este tipo de sustitución sólo existe un alfabeto y siempre al texto en claro le va a corresponder el mismo criptograma.
Los métodos cifrado del César, cifrado Atbash, cifrado de Polybios y cifrado Playfair son ejemplos de métodos de cifrado de este tipo, los primeros tres además consisten en sustituciones monográmicas debido a que se cifra letra por letra, el úultimo de ellos (cifrado de Playfair) consiste en sustitución monoalfabética poligrámica debido a que se cifra sobre grupos de caracteres.
SUSTITUCIÓN POLIALFABÉTICA
A diferencia de la sustitución monoalfábetica en donde al texto en claro siempre le corresponde el mismo criptograma, en la sustitución polialfabética el criptograma del texto en claro puede ser diferente dependiendo de la clave que se utilice para cifrar, por lo que se dice que existen múltiples alfabetos de cifrado, de ahí el nombre de sustitución polialfabética.
Los métodos cifrado de Alberti, cifrado por desplazamiento, cifrado de Vigenère y el cifrado de Vernam son ejemplos de sustitución polialfabética